Могу я оплатить одну часть билета милями S7 Priority, а другую — рублями?

Да, можете. Чтобы списать мили, выберите билет на сайте s7.ru или в приложении S7 Airlines. На этапе оплаты отметьте на шкале, сколько миль хотите потратить. 

Мы спишем мили в счет оплаты, а остаток стоимости вы внесете в рублях.